Институт и музей являются образовательной базой высших учебных заведений республики, где проводятся лекционные и практические занятия по музееведению, этнографии, археологии, для студентов вузов республики организуются музейные и этнографические практики. Сотрудниками Института читаются лекции на темы «Музей археологии и этнографии ИЭИ УНЦ РАН: история создания», «Формирование музейных фондов», «Научное наследие Раиля Гумеровича Кузеева», «Информационные технологии в музейном деле». Для проведения такой формы занятий Музей располагает лекционным залом, оборудованным экраном для показа учебных видеофильмов, мультимедийных материалов, слайдов, фотографий, планов, чертежей и т.д.
Институт ведет работу и с сельскими, школьными музеями, оказывая им научно-методическую помощь в организации их этнографических фондов, также своими материалами оказывает помощь в создании временных экспозиций, сотрудничает в плане сбора и проведения фото- и видеосъемок ценных для науки материалов по этнографии народов республики. 
Совместно с Министерством образования Республики Башкортостан ИЭИ УНЦ РАН в1990-е гг. принимал активное участие в работе по пропаганде этнографических знаний и их внедрению в систему школьного образования. В 1994-1999 гг. в рамкахРеспубликанского фестиваля школы юных этнографов и фольклористов «Народные жемчужины» сотрудники ИЭИ УНЦ РАН выступали в качестве научных консультантов, составителей конкурсных заданий и кураторов, участвовали в организации районных и зональных детских этнографических слетов и экспедиций. Сейчас ученые Института продолжают участвовать в районных педагогических конференциях и семинарах, на которых выступают с докладами о различных формах краеведческой, поисковой работы с детьми, в т.ч. в рамках школьных музеев. 
Важное значение в подготовке кадров имеет сотрудничество с профильными научными учреждениями и вузами. ИЭИ УНЦ РАН заключены договора о сотрудничестве с более 40 научными и образовательными учреждениями России и зарубежья.
В 2008 г. по договору ИЭИ УНЦ РАН с Нефтекамским филиалом БашГУ, организованна школа молодых этнологов, в работе которой, приняли участие более 50 молодых ученых из республик Приволжского федерального округа. В ходе работы школы молодые ученые приобрели навыки проведения полевых исследований.. 
В 2009 г. на базе ИЭИ УНЦ РАН совместно с БГПУ им. М. Акмуллы создан Центр научно-производственных практик «История и культура народов Южного Урала», по программе «Этнокультурное развитие и социально-экономические перспективы населения ОПТ Хайбуллинского района РБ» в 2009 г. Составлены историко-культурные паспорта территории государственного природного зоологического заказника республиканского значения «Шайтантау». Материалы (74 стр.), представлены для практического применения. В этом же году уже на базе БГПУ им. М. Акмуллы организован совместный Научно образовательный центр «Ислам в историко-культурном и политико-правовом пространстве России».