За период работы ИЭИ УНЦ РАН сложились тесные партнерские отношения со многими научными организациями и предприятиями России и зарубежья. Сегодня в числе постоянных партнеров института:
- Башкирский государственный университет
- Башкирский государственный педагогический университет им. М. Акмуллы
- Государственный музей истории религии
- Государственный Эрмитаж (г. Санкт-Петербург)
- Институт истории и археологии УрО РАН
- Институт истории материальной культуры РАН
- Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН
- Киностудия «Башкортостан»
- Курганский государственный университет
- Отделение гуманитарных наук АН РБ
- Удмуртский институт истории, языка и литературы УрО РАН
- Уфимская государственная академия экономики и сервиса
- Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова
- Хакасский научно-исследовательский институт языка, литературы и истории
- ООО «Научная электронная библиотека»
- Северо-Казахстанский государственный университет им. М.Козыбаева
- Кемеровский государственный университет
- Институт монголоведения, буддологии и тибетологии СО РАН
- Нефтекамский филиал БашГУ
- Сибайский институт (филиал) БашГУ
