Отдел археологического наследия Южного урала. Заведующим отдела является к.и.н., с.н.с. Тузбеков А.И. В отделе работают к.и.н., с.н.с. И.В. Антонов, к.и.н., н.с. А.Т. Ахатов, к.и.н., н.с. Э.В. Камалеев, н.с. Колонских А.Г., м.н.с. Берсенев Е.В.
Сотрудниками отдела ведутся исследования, направленные на реконструкцию вариаций этнокультурной интеграции на территории Южного Урала в древности и средневековье на основе комплексного анализа археологических источников Южного Урала. Благодаря многолетним археологическим исследованиям специалистами накоплен огромный источниковый фонд, позволяющий сформировать картину культурогенетических процессов, происходящих в регионе в различные хронологические периоды. Проводимые сотрудниками отдела научные исследования базируются на наличии значительного количества материалов, в том числе хранящихся в фондах Музея археологии и этнографии ИЭИ УФИЦ РАН – крупнейшего археологического хранилища Южного Урала. Пять сотрудников отдела являются держателями Открытых листов (разрешений), на основании которых, ежегодно организуются экспедиционные выезды по районам Республики Башкортостан с целью сбора научного материала и пополнения археологических фондов ИЭИ УФИЦ РАН.
Сотрудники отдела участвуют в реализации государственного задания по теме «Культурные интеграции населения Южного Урала в древности, средневековье и Новое время: факторы, динамика, модели», грантах государственных и негосударственных фондов, совместных проектов с хозяйствующими субъектами. С 2022 года отдел участвует в проекте строительства «Евразийского музея кочевых цивилизаций».