В фондах ИЭИ УНЦ РАН собраны крупные коллекции по всем периодам древней, средневековой и современной истории Южного Урала, по культуре и быту народов края. Экспозиции сопровождаются картами, схемами, планами, фотографиями, графическими реконструкциями, которые позволяют посетителям получить насыщенную и полноценную информацию. Музей и Институт стали комплексной научной, методической и методологической базой развития этнографии в Башкортостане и в сопредельных регионах Урало-Поволжья. Сегодня МАЭ представляет собой одно из крупнейших хранилищ археологических (127 тыс. ед.хр.), этнографических (3,0 тыс. ед.хр.) и антропологических (1,2 тыс.ед.хр.) коллекций. Коллекции музея являются бесценными памятниками историко-культурного наследия и представляют огромный научный интерес. Их ценность определяется тем, что в совокупности они являют собой уникальное собрание историко-культурных памятников, предметов быта, отражающих многовековые контакты и взаимодействия различных культур на границе Европы и Азии, историю и культуру древних и современных народов Южного Урала. В фондах МАЭ за четверть века оказались сосредоточенными бесценные раритеты, отражающие во всем многообразии длительную историю южноуральского региона, историю культур и его современных народов. Одна из главных функций академического музея – служить интересам науки, быть надежным хранилищем памятников истории и культуры, обеспечивать их научное использование. С 1976 г. музей дважды обновлял свои экспозиции. Первая экспозиция открылась в 1980 г., вторая – в 1992 г. Вместе с этим в зале временных выставок МАЭ, а также частично с использованием площадей стационарных выставок в разные годы проводились временные выставки. С экспозициями МАЭ ежегодно знакомятся от 13 до 15 тыс. посетителей, проводится более 600 экскурсий.
Наиболее ценные (уникальные) коллекции:
Караякуповское поселение. Энеолит - 600 ед.
- Стоянка Мысовая. Средний палеолит. Орудия труда - 15 ед.
- Стоянка Янгелька. Мезолит - 8400 ед.
- Стоянка Саузовская - 1. Неолит - 5000 ед.
- Охлебининский могильник. Эпоха раннего железа - 21120 ед.
- Бирский могильник. Эпоха средневековья - 7279 ед.
- Филипповские курганы. Эпоха раннего железа - 3720 ед.
- Лагеревские курганы. Эпоха средневековья - 343 ед.
- Коллекция башкирских хараусов - 22 ед.
- Коллекция башкирских нагрудников - 15 ед.
- Коллекция башкирской женской одежды - 263 ед.
- Коллекция марийской женской одежды и предметов быта - 117 ед.
- Коллекция татарской женской одежды и предметов быта - 102 ед.
- Коллекция чувашской женской одежды и предметов быта - 99 ед.
