2006 г. состоялся экспедиционный выезд по обследованию башкирских населенных пунктов Курганской области в составе к.и.н. Никоноровой Е.Е., м.н.с. Хабибуллиной З.Р., м.н.с. Тузбекова А.И., к.ф.н. Тороковой Е.С. Маршрут экспедиции проходил через с. Азналино Сафакулевского района, с. Арсланово Щучанского района и села Шарипово, Танрыкулево Альменеского района.
В соответствии с программой этносоциологического и религиоведческого обследования башкир, проживающих за пределами Республики Башкортостан, осуществлен сбор этнодемографических и этностатистических данных по населенным пунктам, проведено социологическое обследование башкирского населения, составлены хозяйственные описания населенных пунктов, отдельных хозяйств; собраны материалы по декоративному искусству и фольклору. Проведена фото- и видеофиксация традиционного башкирского праздника «Карга-туй».
В том же году состоялась экспедиция по комплексному исследованию марийского и удмуртского населения Красноуфимского района Свердловской области в составе: к.и.н. Садикова Р.Р. (начальник отряда), к.и.н. Никоноровой Е.Е., м.н.с. Каранаева Ю.Т. Маршрут экспедиции проходил через с. Верхний Бугалыш, Юва, д. Марийские Ключики, с. Сарсы, д. Большие Тавры, с. Марийский Усть-Маш. В соответствии с программой этнографических и религиоведческих исследований осуществлен сбор полевого материала по истории и традиционным верованиям удмуртов сел Юва и Верхний Бугалыш, по традиционным верованиям марийцев, по традициям орнаментации одежды уральских марийцев.
Археологи ИЭИ УНЦ РАН тесно сотрудничают со своими коллегами из ИИЯЛ УНЦ РАН, работают вместе с ними в экспедициях, так, Н.Г. Рутто с 1980 г. является постоянным участником археологических раскопок, проводимых сотрудниками института. В 2004-2005 гг. она участвовала в археологических экспедициях в Стерлитамакском районе РБ с целью исследования Николаевских курганов эпохи бронзы (отряд сотрудника ИИЯЛ УНЦ РАН Ю.А.Морозова). Активно проводились археологические исследования археологами ИЭИ И.М. Акбулатовым, И.М. Минеевой в районах Башкирии, в частности в Бирском районе.
Ученые ИЭИ УНЦ РАН также участвуют в организации и проведении совместных экспедиций с коллегами из других научных учреждений России и зарубежных стран. Проводилась совместная научная экспедиция ИЭИ УНЦ РАН и Института России и Восточной Европы (Финляндия) по этносоциологичекому и этнодемографическому исследованию марийского населения Республики Башкортостан. В июле 1999 г. ЦЭИ УНЦ РАН стал одним из организаторов совместной с ИИЯЛ УНЦ РАН и БГПИ археологической экспедиции, в которой приняли участие более 20 специалистов-археологов, спелеологов, историков, искусствоведов из Эстонии, Финляндии. По завершении экспедиции на базе Музея археологии и этнографии ИЭИ УНЦ РАН был проведен международный российско-финский семинар «Древнее искусство Южного Урала». В 2002 г. сотрудники ЦЭИ УНЦ РАН (И.М. Акбулатов, И.М. Минеева, А.В. Псянчин) участвовали в комплексной археологической экспедиции в Баймакском р-не РБ по исследованию территории музея-заповедника «Ирендык», организованной Главным управлением государственной охраны объектов недвижимого наследия Министерства культуры РБ. В 2004 — 2005 гг. состоялась совместная с Музеем религии (г.Санкт-Петербург), Министерством культуры Франции комплексная Южно-Уральская археологическая экспедиция по изучению памятника палеолита — Каповой пещеры.
